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植物表型組學(xué)研究機構(gòu)巡禮(1)- 荷蘭植物生態(tài)表型中心NPEC
時間:2025-12-04    作者:易科泰 點擊量:

  荷蘭植物生態(tài)表型中心(Netherlands Plant Eco-phenotyping Centre,NPEC)由荷蘭瓦赫寧根大學(xué)(Wageningen University & Research, WUR)與烏得勒支大學(xué)(Utrecht University) 共同合作建設(shè)和運營。中心于2017年遞交提案,2022年9月底正式啟用,研究重心在于植物表型與環(huán)境的相互關(guān)系,力圖將植物研究引入自動化和大數(shù)據(jù)的時代。

NPEC研究設(shè)施與其六大研究模塊

  NPEC在幾年時間中陸續(xù)建設(shè)完成了六大研究模塊,其中包括3套安裝在FytoScope大型步入式水培植物生長室中的PlantScreen XYZ三維移動式植物表型成像分析系統(tǒng)、1套PlantScreen-SC移動式植物表型成像分析系統(tǒng)、36單元Ecolab土壤-植物-大氣綜合研究微生態(tài)系統(tǒng)、多套FluorCam葉綠素?zé)晒獬上裣到y(tǒng)等。

左圖:FytoScope大型步入式水培植物生長室;右圖:PlantScreen XYZ三維移動式植物表型成像分析系統(tǒng):成像平臺上集成有葉綠素?zé)晒?、多光譜熒光、RGB、高光譜、紅外熱成像等多種表型成像傳感器,成像平臺可XYZ三維移動并自動測量

PlantScreen-SC植物表型成像分析系統(tǒng)是一套獨立運行系統(tǒng),配備萬向輪,可在溫室、培養(yǎng)室之間靈活移動、就近測量,測量方式為人工加樣+自動測量的半自動測量模式,可完成葉綠素?zé)晒?、多光譜熒光、RGB、高光譜、紅外熱成像等多種表型成像測量

Ecolab土壤-植物-大氣綜合研究微生態(tài)系統(tǒng)包括上部大氣單元和下部土壤單元,分別模擬和監(jiān)測光照、溫濕度、水分含量等環(huán)境指標(biāo)。上部單元作為動植物的棲息地用于研究植物地上部環(huán)境響應(yīng)以及動植物相互作用;下部單元用于研究土壤過程以及土壤動物與植物根系與土壤的互作

  2023-2024年,NPEC安裝完成了兩套最新型的植物表型成像系統(tǒng)。NPEC分別將其命名為“太陽神”(Helios)和 “冥王”(Hades)。其中“太陽神”(Helios)系統(tǒng)為一套PlantScreen傳送帶版高通量植物表型成像分析系統(tǒng)。這套系統(tǒng)利用傳送帶將植物傳送到成像室中進(jìn)行測量,實現(xiàn)了高通量、高精度、低干擾、多角度的植物表型成像測量,同時還可自動控制植物的生長環(huán)境,包括澆灌、光照、溫度及動態(tài)周期變化等。

  “冥王”(Hades)系統(tǒng)則為一套PlantScreen高通量瓊脂培養(yǎng)植物表型成像分析系統(tǒng)。這是一套專門為瓊脂平板培養(yǎng)植物進(jìn)行自動接種、培養(yǎng)與表型成像分析的系統(tǒng)。該系統(tǒng)為全自動機器人操作,包括傾倒瓊脂、播種、層積催芽、接種、成像分析全自動運行??扇菁{2160個特制培養(yǎng)皿的全自動全流程高通量表型分析。系統(tǒng)由具備GMO(轉(zhuǎn)基因生物)控制區(qū)的環(huán)控室、操作臺、培養(yǎng)柜(包括層積催芽柜)、機器人及成像工作站等組成,可進(jìn)行根系形態(tài)成像分析、GFP等熒光蛋白成像分析、葉綠素?zé)晒獬上穹治?、多光譜成像分析、高光譜成像(透射光)分析及香豆素?zé)晒飧吖庾V成像分析等

  NPEC利用這些表型組學(xué)設(shè)備已經(jīng)開展了一系列研究工作并取得了大量的科研成果,部分研究案例如下:

  1. 利用葉綠素?zé)晒夥治鰧Ψ阎旭R鈴薯胞囊線蟲感染進(jìn)行非侵入性、癥狀前檢測

  馬鈴薯胞囊線蟲(PCN)是全球馬鈴薯產(chǎn)區(qū)最具破壞性的病原線蟲之一,每年造成巨大的經(jīng)濟損失。PCN在田間的侵染通常呈“病灶”狀分布,即僅在某些區(qū)域集中發(fā)生。然而,早期、精準(zhǔn)地定位這些病灶非常困難,因為傳統(tǒng)的土壤取樣和線蟲鑒定方法既耗時又費力。因此,開發(fā)一種快速、非破壞性、癥狀前的檢測技術(shù),對于實現(xiàn)精準(zhǔn)的局部防控、減少農(nóng)藥使用和降低經(jīng)濟損失具有重要意義。本研究旨在探索葉綠素?zé)晒夥治鲎鳛橐环N前沿的植物生理監(jiān)測技術(shù),是否能夠通過檢測植物地上部光合系統(tǒng)的細(xì)微變化,來間接、早期地診斷出地下部根系的PCN侵染。

  研究人員將番茄種植于PlantScreen高通量傳送帶表型系統(tǒng)的樣品托盤中,設(shè)置了5個不同梯度的PCN接種密度,利用PlantScreen系統(tǒng)的FluorCam葉綠素?zé)晒獬上駟卧诮臃N后連續(xù)自動監(jiān)測26天的葉綠素?zé)晒鈩討B(tài)成像。

  研究發(fā)現(xiàn),葉綠素?zé)晒鈪?shù)對PCN侵染的響應(yīng)遠(yuǎn)早于傳統(tǒng)生長指標(biāo):

1)極早期響應(yīng): 在接種后第1天,反映光合速率的ΦPSII和光合系統(tǒng)熱耗散的NPQ就發(fā)生了顯著變化。此時,線蟲可能尚未侵入根系,研究者推測可能是線蟲卵自發(fā)孵化或其分泌的特定分子(效應(yīng)子)觸發(fā)了植物的早期免疫反應(yīng)所致。

2)高靈敏度: ΦPSII是對低水平侵染最敏感的指標(biāo)。即使在最低接種密度(5卵/克土)下,從第1天起就能檢測到其下降。而NPQ則在第1天對高接種密度表現(xiàn)出響應(yīng)。

最大光化學(xué)效率Fv/Fm、PSII潛在活性Fv/F0則響應(yīng)較晚且對低侵染水平不敏感。

  本研究成功證明了:葉綠素?zé)晒夥治?,特別是NPQ和ΦPSII這兩個參數(shù),能夠作為一種極其靈敏的工具,在番茄植株出現(xiàn)任何可見癥狀之前,有效檢測出地下部的馬鈴薯胞囊線蟲侵染。

不同葉綠素?zé)晒鈪?shù)隨蟲卵密度、侵染進(jìn)程的變化

  1. 馬鈴薯對單一和復(fù)合脅迫的高通量表型成像分析

  隨著氣候變化加劇,熱浪、洪澇和干旱等極端天氣事件頻發(fā),嚴(yán)重威脅作物生產(chǎn)。馬鈴薯作為全球重要的糧食作物,其生長和產(chǎn)量極易受到不良環(huán)境條件的影響。本研究旨在對馬鈴薯(栽培種 'Désirée')應(yīng)對單一及復(fù)合非生物脅迫(高溫、干旱、澇漬)進(jìn)行綜合性分析,通過整合高通量表型分析和多組學(xué)數(shù)據(jù),深入理解馬鈴薯在模擬未來現(xiàn)實氣候情景下的脅迫響應(yīng)機制,并建立了一個生物信息學(xué)分析流程來整合這些復(fù)雜數(shù)據(jù)。這項研究由包括荷蘭瓦赫寧根大學(xué)和烏得勒支大學(xué)在內(nèi)的多家歐洲學(xué)術(shù)與科研單位參與,是歐盟ADAPT馬鈴薯育種項目的重要研究成果之一。

歐盟ADAPT馬鈴薯育種項目參與單位

  研究人員對馬鈴薯植株施加單一脅迫(熱應(yīng)激 H、干旱 D、澇漬 W)以及復(fù)合脅迫(熱+干旱 HD、熱+干旱+澇漬 HDW),并設(shè)置恢復(fù)期,以模擬田間可能出現(xiàn)的連續(xù)脅迫,并使用PlantScree高通量表型成像分析系統(tǒng)進(jìn)行連續(xù)表型分析,監(jiān)測植物體積、高度、葉面積、緊湊度等形態(tài)指標(biāo),以及葉綠素?zé)晒猓ㄈ鏠Y_Lss, Fv/Fm_Lss, qL_Lss)和熱成像(冠層溫度ΔT)等生理指標(biāo)。結(jié)果表明,所有脅迫均抑制生長,但程度不同,復(fù)合脅迫HD的影響大于單一脅迫;澇漬(W)的影響最迅速和嚴(yán)重;三重脅迫(HDW)導(dǎo)致植株近乎死亡。而在光合系統(tǒng)損傷中,所有脅迫均降低了PSII的光化學(xué)效率(QY_Lss),其中熱應(yīng)激H脅迫影響最大。

  結(jié)合其他組學(xué)數(shù)據(jù),該研究證實了馬鈴薯對復(fù)合脅迫(尤其是熱+干旱+澇漬HDW)的極端敏感性,同時明確了高溫脅迫通過抑制光合作用和塊莖形成信號(SP6A)來影響產(chǎn)量的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。該研究可為馬鈴薯抗逆育種提供重要的候選靶點和診斷工具,有助于加速培育適應(yīng)未來氣候變化的馬鈴薯品種。

左圖:單一、復(fù)合脅迫處理和表型組學(xué)數(shù)據(jù)采樣的實驗設(shè)計綜述;右圖:單一和復(fù)合脅迫下的多層次響應(yīng)簡圖

  1. 在高通量表型系統(tǒng)進(jìn)行單個葉片的光合能力追蹤測量

  植物光合作用研究對生產(chǎn)力和產(chǎn)量至關(guān)重要。隨著高通量表型系統(tǒng)設(shè)施的發(fā)展,光合表型的測量變得可靠、高效。然而,盡管植物級別的表型分析已自動化,但葉片級別的信息通常仍依賴于手動標(biāo)注,限制了研究效率。本研究提出了一種新方法,用于在植物(以擬南芥為例)的頂部拍攝圖像時間序列中,對單個葉片進(jìn)行自動檢測、分割和追蹤。

  研究者將兩個擬南芥生態(tài)型(Col-0 和 Ely)在PlantScree XY三維移動表型成像系統(tǒng)中進(jìn)行不同光處理(恒定光與波動光),并分析其光合參數(shù)(最大光量子產(chǎn)量Fv/Fm和光系統(tǒng)II實際效率ΦPSII)。植株級別葉綠素?zé)晒獬上穹治霰砻鰿ol-0的Fv/Fm和ΦPSII均顯著高于Ely,且Ely的光合參數(shù)對波動光處理的響應(yīng)更明顯。葉片級別葉綠素?zé)晒獬上穹治鰟t進(jìn)一步表明葉片年齡和葉序顯著影響光合能力及其對光處理的響應(yīng)。在Ely中,葉片F(xiàn)v/Fm在其出現(xiàn)約一周后達(dá)到峰值然后下降;幼葉對波動光的ΦPSII響應(yīng)比老葉更強烈。

  該方法能夠高效、自動化地追蹤單個葉片,為研究葉片發(fā)育、光合作用動態(tài)及其遺傳基礎(chǔ)提供了有力的新工具。

左圖:分析流程的圖形摘要;右圖:擬南芥Col-0最大光量子產(chǎn)量Fv/Fm的植株級別和葉片級別動態(tài)數(shù)據(jù)

  1. 不同光照強度對羅勒采后耐冷性的影響

  羅勒(Ocimum basilicum L.)作為熱帶草本植物,在低于10–12℃的低溫貯藏時易發(fā)生冷害,表現(xiàn)為葉片褐斑、壞死、失去光澤等。本研究希望通過采收前短期高光處理(EOP)提升羅勒的碳水化合物和抗氧化物質(zhì)含量,看是否能夠增強其采后耐冷性。研究人員將兩個羅勒品種(Emily 和 Dolly)在垂直農(nóng)業(yè)系統(tǒng)中,使用LED光源(150 μmol·m?²·s?¹)進(jìn)行培養(yǎng)。采收前5天,分別施加50、150、300、600 μmol·m?²·s?¹的光照強度。采后葉片在4°C(冷害條件)和12°C(非冷害條件)下黑暗貯藏12天,定期取樣分析。

  利用FluorCam葉綠素?zé)晒獬上裣到y(tǒng)測量后發(fā)現(xiàn),羅勒葉片最大光化學(xué)效率Fv/Fm在4°C貯藏下顯著下降,但EOP光強對其無顯著影響。Fv/Fm反映了植物光合反應(yīng)中心在脅迫條件下的損傷程度,是目前衡量植物受脅迫程度與抗性高低最靈敏的指標(biāo)之一。因此,結(jié)果表明,EOP高光可有效提升羅勒的營養(yǎng)價值(碳水化合物、迷迭香酸、抗壞血酸),但未能增強羅勒的耐冷性。

不同處理的Fv/Fm與整體視覺品質(zhì)

參考文獻(xiàn):

  1. van Himbeeck R, Binnebösz E L, Amora D, et al. Noninvasive, Presymptomatic Detection of Potato Cyst Nematode Infection in Tomato Using Chlorophyll Fluorescence Analysis[J]. Phytopathology, 2025, 115(1): 77-84.
  2. Zagorš?ak M, Abdelhakim L, Rodriguez-Granados N Y, et al. Integration of multi-omics data and deep phenotyping provides insights into responses to single and combined abiotic stress in potato[J]. Plant physiology, 2025, 197(4): kiaf126.
  3. Jurado-Ruiz F, Nguyen T P, Peller J, et al. LeTra: a leaf tracking workflow based on convolutional neural networks and intersection over union[J]. Plant Methods, 2024, 20(1): 11.
  4. Larsen D H, Li H, van de Peppel A C, et al. High light intensity at End-Of-Production improves the nutritional value of basil but does not affect postharvest chilling tolerance[J]. Food Chemistry, 2022, 369: 130913.

北京易科泰生態(tài)技術(shù)公司提供植物表型分析技術(shù)全面解決方案并提供相關(guān)參考文獻(xiàn):

  • 國際知名品牌PlantScreen植物高通量表型成像分析系統(tǒng),有傳送帶版、XYZ版、PlantScreen SC、根系表型分析等不同功能規(guī)格供選配
  • PhenoTron®植物表型成像分析系統(tǒng),易科泰新一代農(nóng)業(yè)傳感器技術(shù)+AI平臺技術(shù),可根據(jù)國內(nèi)用戶實際需求及安裝場景靈活配置定制,具備高光譜成像、UV-MCF紫外光激發(fā)植物熒光(脅迫誘導(dǎo)次級代謝產(chǎn)物熒光)高光譜成像、葉綠素?zé)晒獬上?、Thermo-RGB紅外熱成像與RGB成像融合分析、3D激光掃描成像分析等表型分析技術(shù),AI平臺技術(shù)包括自動傳送系統(tǒng)、XYZ平臺、懸浮雙規(guī)平臺、機器人平臺等不同智能平臺供選配

左圖: PlantScreen植物表型成像分析系統(tǒng);右圖:PhenoTron® PTS植物表型成像分析系統(tǒng)

  • FluorCam葉綠素?zé)晒獬上裣到y(tǒng),有幾千篇國際科研文獻(xiàn)可供參考
  • FluorTron®植物光合表型成像分析系統(tǒng),可根據(jù)客戶需求定制不同成像面積的葉綠素?zé)晒鈩討B(tài)成像、葉綠素?zé)晒夤庾V成像、LEDIF(植物群體)冠層葉綠素?zé)晒獬上裣到y(tǒng)等

左圖:新一代FluorCam1300多激發(fā)光多光譜熒光成像系統(tǒng);中:FluorTron®植物光合表型成像分析系統(tǒng);右:利用易科泰葉綠素?zé)晒獬上窦夹g(shù)測量番茄種子萌發(fā)率并評估種苗活力

  • PhenoTron®智能LED光源培養(yǎng)與表型分析平臺,集多通道智能LED光源與多源表型傳感器技術(shù)于一身,可在對植物進(jìn)行精確光照培訓(xùn),同時實現(xiàn)葉綠素(含量)與葉綠素?zé)晒獬上瘛hermo-RGB成像、多功能高光譜成像等在線晝夜全天候監(jiān)測分析植物表型。

PhenoTron®智能LED光源培養(yǎng)與表型分析平臺與西洋參誘變育種葉綠素?zé)晒獬上瘢‥coTech®實驗室)

  • FluorPen系列手持式葉綠素?zé)晒鈨x(有探頭式和葉夾式,藻類用AquaPen試管式葉綠素?zé)晒鈨x),葉綠素?zé)晒鉁y量系統(tǒng)中的“瑞士軍刀”,可與LCi、LCpro等光合儀組成絕佳便攜式大田作物表型分析測量系統(tǒng)
  • FluorTron系列多光譜葉綠素?zé)晒獬上?多功能高光譜成像分析系統(tǒng)
  • PhenoPlot®輕便型大田或溫室作物表型成像分析系統(tǒng)
  • PhenoTron® PTS植物表型成像分析系統(tǒng)
  • 田間智能巡檢機器人表型分析平臺
  • ET-LEDIF葉綠素?zé)晒獗O(jiān)測系統(tǒng)
  • 模塊式作物表型成像分析系統(tǒng)

 

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